荷花同其他植物一样，荷花同样由根、茎、叶、花、果实和种子组成，但荷花的根为须根；茎长在泥土中，分为不膨大茎（俗称莲鞭或藕带）和膨大茎（俗称藕）；叶有浮叶（浮在水面上）和立叶（立于水面之上）；花的结构复杂：由花柄、花被、雄蕊、花托和雌蕊组成。其中，由于荷花的萼片和花瓣几乎无明显界限，所以科学上统称其为花被，好比白玉兰等木兰科植物一样，但人们平常还是习惯了叫花瓣。荷花的雄蕊由三部分构成，除了花丝和花药外，顶端还有一段白色、黄色或紫红色的附属物，该部分结构实际上是药囊间隔结构的延伸。雌蕊群包括心皮和其着生的花托（成熟时叫莲蓬）。值得注意的是，从莲蓬上取出的“带壳莲子”不是种子，而叫果实，其外的一层厚壳叫外果皮，内面可食用的部分才叫种子。